Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SKA1Q96BD8 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SKA1Q96BD8 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SKA1Q96BD8 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SKA1Q96BD8 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SKA1Q96BD8 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SKA1Q96BD8 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.3 ms