Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIG4P49917 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIG4P49917 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIG4P49917 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIG4P49917 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIG4P49917 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
LIG4P49917 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIG4P49917 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
LIG4P49917 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
LIG4P49917 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIG4P49917 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIG4P49917 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIG4P49917 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG4P49917 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG4P49917 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG4P49917 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG4P49917 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG4P49917 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
LIG4P49917 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
LIG4P49917 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
LIG4P49917 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG4P49917 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIG4P49917 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
LIG4P49917 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
LIG4P49917 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
LIG4P49917 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
LIG4P49917 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.74■■■□□ 2.19
LIG4P49917 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG4P49917 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG4P49917 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG4P49917 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG4P49917 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
LIG4P49917 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIG4P49917 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIG4P49917 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LIG4P49917 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG4P49917 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG4P49917 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
LIG4P49917 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
LIG4P49917 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
LIG4P49917 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
LIG4P49917 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
LIG4P49917 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
LIG4P49917 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
LIG4P49917 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
LIG4P49917 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
LIG4P49917 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIG4P49917 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
LIG4P49917 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIG4P49917 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIG4P49917 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIG4P49917 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIG4P49917 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIG4P49917 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
LIG4P49917 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIG4P49917 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
LIG4P49917 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
LIG4P49917 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
LIG4P49917 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
LIG4P49917 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
LIG4P49917 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
LIG4P49917 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
LIG4P49917 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
LIG4P49917 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
LIG4P49917 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.16
LIG4P49917 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG4P49917 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG4P49917 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG4P49917 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG4P49917 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG4P49917 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
LIG4P49917 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
LIG4P49917 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
LIG4P49917 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIG4P49917 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIG4P49917 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIG4P49917 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIG4P49917 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIG4P49917 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIG4P49917 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIG4P49917 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIG4P49917 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
LIG4P49917 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIG4P49917 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIG4P49917 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIG4P49917 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIG4P49917 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
LIG4P49917 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
LIG4P49917 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
LIG4P49917 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIG4P49917 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIG4P49917 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIG4P49917 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIG4P49917 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG4P49917 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG4P49917 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG4P49917 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG4P49917 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIG4P49917 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIG4P49917 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms