Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A6A6NMZ7 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A6A6NMZ7 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
COL6A6A6NMZ7 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
COL6A6A6NMZ7 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL6A6A6NMZ7 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL6A6A6NMZ7 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms