Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
CCDC9Q9Y3X0 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms