Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HLA-CQ95604 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HLA-CQ95604 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HLA-CQ95604 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HLA-CQ95604 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HLA-CQ95604 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HLA-CQ95604 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HLA-CQ95604 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HLA-CQ95604 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HLA-CQ95604 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms