Protein–RNA interactions for Protein: O43172

PRPF4, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 522 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF4O43172 NFATC2-203ENST00000414705 2974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.16e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 NCOR2-215ENST00000458234 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)14.42□□□□□ -0.16e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 NFATC2-207ENST00000610033 2740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.39□□□□□ -0.116e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 NFATC2-202ENST00000396009 7437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.136e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 FAM60A-204ENST00000536836 1734 ntTSL 214.07□□□□□ -0.166e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PLEKHG2-206ENST00000458508 3898 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.01□□□□□ -0.176e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 NFATC2-201ENST00000371564 7525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.186e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PLEKHG2-201ENST00000205135 4209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)13.65□□□□□ -0.226e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 ATP10A-203ENST00000553577 597 ntTSL 213.56□□□□□ -0.246e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 TOLLIP-207ENST00000527886 3666 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.276e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC13.32□□□□□ -0.286e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 XAB2-201ENST00000358368 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.286e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 TNFAIP3-206ENST00000612899 4735 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.346e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 TNFAIP3-209ENST00000619035 2267 ntTSL 5 BASIC12.91□□□□□ -0.346e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PLEKHG2-203ENST00000425673 8132 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.366e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 TNFAIP3-211ENST00000621150 1613 ntTSL 5 BASIC12.55□□□□□ -0.46e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 FAM60A-206ENST00000539409 2532 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.616e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 TNFAIP3-208ENST00000615468 3818 ntTSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.676e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 TNFAIP3-201ENST00000237289 4432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.676e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 FAM60A-201ENST00000337682 3163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.48□□□□□ -0.736e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 TNFAIP3-210ENST00000620204 3817 ntTSL 5 BASIC10.22□□□□□ -0.776e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 ARG2-203ENST00000557120 836 ntTSL 28.67□□□□□ -1.026e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PRKCZ-217ENST00000481140 713 ntTSL 47.34□□□□□ -1.236e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 ARG2-202ENST00000556491 457 ntTSL 55.76□□□□□ -1.496e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 FAM60A-205ENST00000539004 459 ntTSL 54.64□□□□□ -1.676e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 SLC2A9-206ENST00000505104 1659 ntTSL 1 (best)17.07■□□□□ 0.322e-6■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 13e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.73e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.633e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.163e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.13e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.083e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-209ENST00000446440 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.043e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-202ENST00000337174 5304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.023e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-204ENST00000392473 2967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.133e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-205ENST00000392474 4453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.253e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 CAMKK2-216ENST00000545538 3797 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.53e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.647e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.517e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.447e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.635e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.15e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.095e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 ALDH4A1-202ENST00000375341 3363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.275e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 AL080251.1-201ENST00000494072 4369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.26□□□□□ -0.615e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 ACAP3-206ENST00000467278 2725 ntTSL 1 (best)18.19■□□□□ 0.55e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.385e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.971e-8■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PYGO2-202ENST00000368457 3146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.221e-8■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 PYGO2-203ENST00000483463 594 ntTSL 25.04□□□□□ -1.61e-8■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.546e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 AL390719.1-202ENST00000394517 397 ntTSL 59.15□□□□□ -0.946e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 NCLN-201ENST00000246117 4005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.172e-7■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 AGPAT3-205ENST00000398063 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.022e-6■■■■□ 21.5
PRPF4O43172 ASGR2-205ENST00000574868 1202 ntTSL 515.96■□□□□ 0.152e-8■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ASGR2-206ENST00000576487 1055 ntTSL 1 (best)15.3■□□□□ 0.042e-8■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ASGR2-204ENST00000450034 932 ntTSL 213.54□□□□□ -0.242e-8■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ASGR2-201ENST00000254850 1396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.312e-8■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ASGR2-202ENST00000355035 1386 ntTSL 1 (best) BASIC12.59□□□□□ -0.392e-8■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 LMNB2-205ENST00000532465 769 ntTSL 317.76■□□□□ 0.433e-10■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 LRPAP1-203ENST00000509198 1170 ntTSL 218.91■□□□□ 0.624e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 LRPAP1-201ENST00000296325 1078 ntTSL 1 (best)16.72■□□□□ 0.274e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 LRPAP1-204ENST00000515119 1167 ntTSL 214.52□□□□□ -0.094e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 LRPAP1-202ENST00000500728 7819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.284e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.422e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ZDHHC8-203ENST00000405930 3112 ntTSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.042e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ZDHHC8-201ENST00000320602 3072 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.122e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ZDHHC8-205ENST00000468112 524 ntTSL 313.69□□□□□ -0.222e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 FBXO31-208ENST00000636077 660 ntTSL 520.87■□□□□ 0.934e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.551e-6■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 RNF2-204ENST00000498201 631 ntTSL 216.08■□□□□ 0.161e-6■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 RNF2-202ENST00000367510 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.2□□□□□ -0.781e-6■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.221e-6■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.671e-6■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 HNRNPM-214ENST00000600806 2373 ntTSL 518.95■□□□□ 0.621e-6■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 HNRNPM-204ENST00000594907 1078 ntTSL 518.21■□□□□ 0.511e-6■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.491e-6■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 HNRNPM-213ENST00000600092 1086 ntTSL 217.67■□□□□ 0.421e-6■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.245e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ZNF84-210ENST00000540031 960 ntTSL 1 (best)22.8■■□□□ 1.249e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.489e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.349e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.199e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 ZNF84-215ENST00000543758 3501 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.149e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 MLXIPL-209ENST00000467221 774 ntTSL 510.83□□□□□ -0.683e-13■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.126e-10■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 CUL4A-208ENST00000474116 866 ntTSL 216.48■□□□□ 0.236e-10■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.28e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.28e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.28e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.168e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.118e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.18e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.068e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.068e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.578e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.58e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.438e-7■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 EPS8L2-211ENST00000527832 1597 ntTSL 221.27■□□□□ 0.994e-8■■■■□ 21.4
PRPF4O43172 SERPINF1-212ENST00000577053 731 ntTSL 511.79□□□□□ -0.524e-17■■■■□ 21.4
Retrieved 100 of 20,551 protein–RNA pairs in 156.4 ms