Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CPSF3Q9UKF6 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CPSF3Q9UKF6 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms