Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SMARCAL1Q9NZC9 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMARCAL1Q9NZC9 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms