Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms