Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 ACSF3-203ENST00000393145 7020 nt11.72□□□□□ -0.531e-7■■■■■ 27.6
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UPF1Q92900 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.28e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 MORN1-211ENST00000607342 566 ntTSL 220.6■□□□□ 0.898e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 MORN1-209ENST00000606372 1960 ntTSL 1 (best)19.06■□□□□ 0.648e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 FAM32A-202ENST00000585831 896 ntTSL 213.49□□□□□ -0.255e-7■■■■■ 27.6
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UPF1Q92900 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.252e-8■■■■■ 27.6
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UPF1Q92900 GUCD1-213ENST00000621833 3584 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.72e-8■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 OS9-207ENST00000439210 1946 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.392e-10■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 CTSD-206ENST00000497544 783 ntTSL 229.34■■■□□ 2.298e-13■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 ADAR-205ENST00000492630 612 ntTSL 213.34□□□□□ -0.277e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 SLC35C2-212ENST00000493599 2510 ntTSL 213.23□□□□□ -0.291e-6■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 PBXIP1-203ENST00000368465 3144 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.182e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 PBXIP1-202ENST00000368463 3212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 GOT1-203ENST00000489349 646 ntTSL 29.75□□□□□ -0.857e-7■■■■■ 27.5
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UPF1Q92900 NEK9-210ENST00000557026 5177 ntTSL 212.08□□□□□ -0.483e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 NEK9-207ENST00000555763 837 ntTSL 310.16□□□□□ -0.783e-7■■■■■ 27.5
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UPF1Q92900 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.421e-11■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 CISH-203ENST00000491847 5042 ntTSL 1 (best)12.77□□□□□ -0.361e-11■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 CRAT-205ENST00000455396 795 ntTSL 319.45■□□□□ 0.71e-13■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.768e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.578e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.578e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.198e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 HECTD4-210ENST00000549306 543 ntTSL 214.2□□□□□ -0.144e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 HECTD4-202ENST00000377560 15759 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.634e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 HECTD4-211ENST00000550722 15450 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.27□□□□□ -1.414e-7■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 CDC37-209ENST00000591248 1377 ntTSL 521.42■■□□□ 1.022e-8■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.42e-8■■■■■ 27.5
UPF1Q92900 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.284e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 ARHGAP35-206ENST00000614079 7696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.53□□□□□ -0.44e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC37.66■■■■□ 3.625e-21■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.812e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 HACD3-201ENST00000261875 3228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.072e-15■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 RETSAT-201ENST00000295802 3100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.47□□□□□ -0.735e-8■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.336e-8■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.56e-8■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 PRKAR2A-207ENST00000457914 448 ntTSL 315.16■□□□□ 0.026e-8■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 NR0B2-201ENST00000254227 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.969e-10■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.122e-15■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.022e-15■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 IVD-203ENST00000479013 4251 ntTSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.611e-8■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 ZNF219-204ENST00000553296 560 ntTSL 226.32■■□□□ 1.82e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.432e-20■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.242e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.212e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 HSD17B12-205ENST00000527433 559 ntTSL 422.16■■□□□ 1.142e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 DDX3X-209ENST00000611968 630 ntTSL 322.14■■□□□ 1.132e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 CMTM7-203ENST00000454304 976 ntTSL 522.04■■□□□ 1.122e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.112e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.072e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 RPL13-210ENST00000562879 958 ntTSL 1 (best)21.53■■□□□ 1.042e-20■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.652e-20■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 ZNF219-207ENST00000554923 567 ntTSL 419.06■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 ADAP1-210ENST00000477906 579 ntTSL 319.05■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 AC008764.4-207ENST00000600705 956 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.619e-9■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 ADAP1-202ENST00000435943 559 ntTSL 518.84■□□□□ 0.612e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 KXD1-211ENST00000599319 707 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.62e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 CMTM7-204ENST00000464689 2066 ntTSL 218.32■□□□□ 0.522e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.442e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 MASP2-204ENST00000480221 2190 ntTSL 1 (best)16.61■□□□□ 0.252e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 KLHL25-202ENST00000536947 5143 nt16.25■□□□□ 0.192e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 CMTM7-206ENST00000487007 746 ntTSL 515.89■□□□□ 0.132e-7■■■■■ 27.4
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UPF1Q92900 AC068205.2-203ENST00000529261 748 ntTSL 315.59■□□□□ 0.092e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 SMIM7-220ENST00000602194 534 ntTSL 315.53■□□□□ 0.084e-10■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 SMIM7-214ENST00000597711 1075 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.084e-10■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 CMTM7-205ENST00000465248 780 ntTSL 215.09■□□□□ 0.012e-7■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 SMIM7-216ENST00000598278 603 ntTSL 314.65□□□□□ -0.063e-10■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 RPL13-206ENST00000472354 631 ntTSL 314.52□□□□□ -0.092e-20■■■■■ 27.4
UPF1Q92900 SMIM7-207ENST00000481671 1126 ntTSL 214.52□□□□□ -0.099e-9■■■■■ 27.4
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