Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPC3

CCNB1IP1, E3 ubiquitin-protein ligase CCNB1IP1, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCNB1IP1Q9NPC3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.3 ms