Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPC3

CCNB1IP1, E3 ubiquitin-protein ligase CCNB1IP1, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCNB1IP1Q9NPC3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCNB1IP1Q9NPC3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCNB1IP1Q9NPC3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCNB1IP1Q9NPC3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCNB1IP1Q9NPC3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCNB1IP1Q9NPC3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CCNB1IP1Q9NPC3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms