Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSM1

PCGF1, Polycomb group RING finger protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 259 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCGF1Q9BSM1 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PCGF1Q9BSM1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PCGF1Q9BSM1 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
PCGF1Q9BSM1 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
PCGF1Q9BSM1 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PCGF1Q9BSM1 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
PCGF1Q9BSM1 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
PCGF1Q9BSM1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms