Protein–RNA interactions for Protein: Q96LD4

TRIM47, Tripartite motif-containing protein 47, humanhuman

Predictions only

Length 638 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM47Q96LD4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRIM47Q96LD4 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC31.26■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC31.25■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC31.22■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC31.2■■■□□ 2.59
TRIM47Q96LD4 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC31.19■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC31.17■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TRIM47Q96LD4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC31.13■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC31.08■■■□□ 2.57
TRIM47Q96LD4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC31.05■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC31.03■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
TRIM47Q96LD4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC31.01■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
TRIM47Q96LD4 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.92■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC30.92■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TRIM47Q96LD4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.53
TRIM47Q96LD4 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRIM47Q96LD4 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRIM47Q96LD4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRIM47Q96LD4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRIM47Q96LD4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRIM47Q96LD4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TRIM47Q96LD4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TRIM47Q96LD4 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
TRIM47Q96LD4 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms