Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
CHMP4CQ96CF2 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
CHMP4CQ96CF2 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC31.62■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC31.61■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.58■■■□□ 2.65
CHMP4CQ96CF2 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP4CQ96CF2 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP4CQ96CF2 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
CHMP4CQ96CF2 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP4CQ96CF2 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
CHMP4CQ96CF2 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP4CQ96CF2 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP4CQ96CF2 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP4CQ96CF2 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.64
CHMP4CQ96CF2 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC31.49■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
CHMP4CQ96CF2 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC31.44■■■□□ 2.62
CHMP4CQ96CF2 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP4CQ96CF2 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP4CQ96CF2 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP4CQ96CF2 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP4CQ96CF2 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP4CQ96CF2 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP4CQ96CF2 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
CHMP4CQ96CF2 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
CHMP4CQ96CF2 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP4CQ96CF2 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC31.31■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC31.27■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
CHMP4CQ96CF2 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC31.25■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
CHMP4CQ96CF2 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC31.22■■■□□ 2.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms