Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL9A1P20849 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL9A1P20849 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL9A1P20849 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL9A1P20849 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL9A1P20849 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL9A1P20849 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL9A1P20849 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL9A1P20849 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
COL9A1P20849 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC28■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL9A1P20849 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
COL9A1P20849 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL9A1P20849 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL9A1P20849 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL9A1P20849 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL9A1P20849 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL9A1P20849 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL9A1P20849 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL9A1P20849 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL9A1P20849 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL9A1P20849 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.76■■■□□ 2.04
COL9A1P20849 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL9A1P20849 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 6.7 ms