Protein–RNA interactions for Protein: P04440

HLA-DPB1, HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DPB1P04440 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HLA-DPB1P04440 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HLA-DPB1P04440 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HLA-DPB1P04440 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
HLA-DPB1P04440 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HLA-DPB1P04440 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HLA-DPB1P04440 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HLA-DPB1P04440 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HLA-DPB1P04440 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
HLA-DPB1P04440 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-DPB1P04440 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HLA-DPB1P04440 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HLA-DPB1P04440 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
HLA-DPB1P04440 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.8 ms