Protein–RNA interactions for Protein: O75150

RNF40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, humanhuman

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RNF40O75150 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.44■■■□□ 2.14
RNF40O75150 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RNF40O75150 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
RNF40O75150 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
RNF40O75150 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
RNF40O75150 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RNF40O75150 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RNF40O75150 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
RNF40O75150 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
RNF40O75150 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
RNF40O75150 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
RNF40O75150 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
RNF40O75150 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
RNF40O75150 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RNF40O75150 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
RNF40O75150 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
RNF40O75150 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RNF40O75150 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RNF40O75150 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RNF40O75150 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RNF40O75150 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
RNF40O75150 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
RNF40O75150 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
RNF40O75150 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
RNF40O75150 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
RNF40O75150 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
RNF40O75150 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
RNF40O75150 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
RNF40O75150 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
RNF40O75150 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
RNF40O75150 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
RNF40O75150 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
RNF40O75150 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
RNF40O75150 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RNF40O75150 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RNF40O75150 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
RNF40O75150 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RNF40O75150 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RNF40O75150 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RNF40O75150 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RNF40O75150 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RNF40O75150 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RNF40O75150 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RNF40O75150 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RNF40O75150 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RNF40O75150 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RNF40O75150 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
RNF40O75150 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RNF40O75150 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RNF40O75150 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RNF40O75150 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
RNF40O75150 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
RNF40O75150 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RNF40O75150 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
RNF40O75150 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
RNF40O75150 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RNF40O75150 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RNF40O75150 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RNF40O75150 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RNF40O75150 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RNF40O75150 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
RNF40O75150 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
RNF40O75150 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RNF40O75150 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RNF40O75150 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
RNF40O75150 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
RNF40O75150 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
RNF40O75150 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
RNF40O75150 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
RNF40O75150 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
RNF40O75150 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
RNF40O75150 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
RNF40O75150 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
RNF40O75150 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
RNF40O75150 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
RNF40O75150 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
RNF40O75150 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
RNF40O75150 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
RNF40O75150 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
RNF40O75150 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
RNF40O75150 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
RNF40O75150 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
RNF40O75150 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
RNF40O75150 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
RNF40O75150 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
RNF40O75150 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
RNF40O75150 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
RNF40O75150 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
RNF40O75150 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RNF40O75150 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RNF40O75150 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RNF40O75150 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
RNF40O75150 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
RNF40O75150 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
RNF40O75150 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
RNF40O75150 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
RNF40O75150 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
RNF40O75150 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
RNF40O75150 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
RNF40O75150 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.4 ms