Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.3
RPUSD4Q96CM3 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms