Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 ARF3-201ENST00000256682 4105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.227e-10■■■■■ 30
UPF1Q92900 AC073610.3-201ENST00000398092 939 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.79□□□□□ -0.367e-10■■■■■ 30
UPF1Q92900 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.252e-12■■■■■ 30
UPF1Q92900 AGO1-203ENST00000635259 2836 ntTSL 513.58□□□□□ -0.241e-8■■■■■ 30
UPF1Q92900 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.693e-7■■■■■ 30
UPF1Q92900 ATG9A-201ENST00000361242 3130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.142e-8■■■■■ 30
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UPF1Q92900 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.493e-9■■■■■ 30
UPF1Q92900 LRRC20-202ENST00000357631 2906 ntTSL 218.1■□□□□ 0.493e-9■■■■■ 30
UPF1Q92900 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.493e-9■■■■■ 30
UPF1Q92900 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.163e-9■■■■■ 30
UPF1Q92900 LRRC20-201ENST00000355790 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.023e-9■■■■■ 30
UPF1Q92900 SLC35E1-203ENST00000436553 1343 ntTSL 333.01■■■□□ 2.879e-7■■■■■ 30
UPF1Q92900 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.472e-7■■■■■ 30
UPF1Q92900 RAP1GAP-211ENST00000495204 2489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.229e-8■■■■■ 30
UPF1Q92900 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.294e-7■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.264e-7■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 AP1M1-205ENST00000586543 642 ntTSL 517.32■□□□□ 0.363e-8■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 AP1M1-203ENST00000444449 2311 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.243e-8■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 AP1M1-201ENST00000291439 13193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.6□□□□□ -1.193e-8■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 ALG1-207ENST00000592661 1473 ntTSL 514.76□□□□□ -0.051e-7■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.212e-9■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 AC007240.1-201ENST00000641498 1996 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.112e-9■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 RRM2-212ENST00000615152 3434 ntTSL 1 (best) BASIC10.91□□□□□ -0.662e-9■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 RRM2-213ENST00000641198 3431 ntAPPRIS P1 BASIC10.2□□□□□ -0.782e-9■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 RRM2-201ENST00000304567 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.23□□□□□ -1.092e-9■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.759e-8■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.439e-8■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 NTPCR-208ENST00000496662 882 ntTSL 216.55■□□□□ 0.241e-7■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 FAM98B-202ENST00000397609 4388 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -01e-7■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 FAM98B-204ENST00000559431 305 ntTSL 515.04■□□□□ -01e-7■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 NTPCR-206ENST00000490807 980 ntTSL 214.6□□□□□ -0.071e-7■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 NTPCR-202ENST00000366628 6311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.82□□□□□ -0.681e-7■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 FAM120B-201ENST00000476287 5155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.791e-7■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.13e-9■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 NIPAL3-201ENST00000003912 5481 ntTSL 1 (best) BASIC10.81□□□□□ -0.682e-6■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 BNIP3-204ENST00000633835 1062 ntTSL 330.8■■■□□ 2.522e-9■■■■■ 29.9
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UPF1Q92900 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.511e-11■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 PHF5A-201ENST00000216252 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.671e-9■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 RPL7L1-202ENST00000397415 1702 ntTSL 1 (best)15.94■□□□□ 0.146e-20■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 RPL7L1-203ENST00000459829 801 ntTSL 29.94□□□□□ -0.828e-10■■■■■ 29.9
UPF1Q92900 MARCH6-214ENST00000606497 1334 ntTSL 414.98□□□□□ -0.011e-9■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 MARCH6-201ENST00000274140 9569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.55□□□□□ -1.361e-9■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.563e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 DBNL-203ENST00000429716 1622 ntTSL 222.4■■□□□ 1.183e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 DBNL-212ENST00000452661 897 ntTSL 218.41■□□□□ 0.541e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 CALM1-201ENST00000356978 4242 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.441e-10■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.72e-11■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 POLE-217ENST00000541627 2105 ntTSL 218.73■□□□□ 0.594e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 POLE-201ENST00000320574 7840 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.484e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.033e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 CD99L2-208ENST00000613030 3742 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.111e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 CD99L2-205ENST00000437787 3493 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 CD99L2-201ENST00000346693 4935 ntTSL 1 (best)12.44□□□□□ -0.421e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 CD99L2-203ENST00000370377 3604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.561e-7■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.362e-9■■■■■ 29.8
UPF1Q92900 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.399e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 SPPL2B-209ENST00000613503 3456 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.329e-7■■■■■ 29.7
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UPF1Q92900 CMTM3-208ENST00000564247 1127 ntTSL 223.15■■□□□ 1.34e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.974e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.794e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.754e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.644e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CMTM3-213ENST00000566756 1950 ntTSL 218.68■□□□□ 0.584e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.312e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 AEN-203ENST00000557927 5039 ntTSL 1 (best)12.3□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.496e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.39e-11■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 TMEM50A-203ENST00000480937 1102 ntTSL 229.82■■■□□ 2.365e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 TMEM50A-205ENST00000491936 965 ntTSL 1 (best)19.27■□□□□ 0.685e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 RHBDF2-207ENST00000590168 2665 ntTSL 1 (best)15.86■□□□□ 0.135e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 RHBDF2-215ENST00000591885 3599 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.1□□□□□ -0.635e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 RHBDF2-201ENST00000313080 3582 ntTSL 1 (best) BASIC10.8□□□□□ -0.685e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 LIMK1-201ENST00000336180 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.29e-9■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 LIMK1-202ENST00000418310 3360 ntTSL 5 BASIC11.65□□□□□ -0.549e-9■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 SNHG7-202ENST00000416970 789 ntTSL 1 (best)31.21■■■□□ 2.591e-9■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.021e-9■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.531e-9■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 MRPL10-204ENST00000421763 1576 ntTSL 229.34■■■□□ 2.294e-6■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.214e-6■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.554e-6■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.514e-6■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 MRPL10-201ENST00000290208 2013 ntTSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.124e-6■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 PSMF1-206ENST00000418246 326 ntTSL 310.18□□□□□ -0.785e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 UQCC1-214ENST00000457259 1987 ntTSL 1 (best)14.85□□□□□ -0.033e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 UQCC1-201ENST00000349714 2188 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.113e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 UQCC1-215ENST00000472559 1921 ntTSL 1 (best)14.33□□□□□ -0.123e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 UQCC1-202ENST00000359226 2036 ntTSL 4 BASIC13.97□□□□□ -0.173e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 UQCC1-206ENST00000374394 2329 ntTSL 213.74□□□□□ -0.213e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 UQCC1-204ENST00000374384 2201 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.243e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 UQCC1-203ENST00000374380 2133 ntTSL 2 BASIC11.82□□□□□ -0.523e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 UQCC1-205ENST00000374385 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.543e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.394e-11■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CCDC115-203ENST00000442217 1847 ntTSL 222.94■■□□□ 1.264e-11■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.094e-11■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CCDC115-204ENST00000465315 3562 ntTSL 212.07□□□□□ -0.484e-11■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CYTH3-201ENST00000350796 4505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.055e-7■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 CYTH3-202ENST00000396741 4508 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.055e-7■■■■■ 29.7
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