Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC31.37■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC31.36■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.36■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC31.35■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
VPS54Q9P1Q0 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.32■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
VPS54Q9P1Q0 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC31.25■■■□□ 2.59
VPS54Q9P1Q0 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
VPS54Q9P1Q0 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
VPS54Q9P1Q0 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
VPS54Q9P1Q0 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC31.23■■■□□ 2.59
VPS54Q9P1Q0 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
VPS54Q9P1Q0 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC31.22■■■□□ 2.59
VPS54Q9P1Q0 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.14■■■□□ 2.58
VPS54Q9P1Q0 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
VPS54Q9P1Q0 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC31.04■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC31.02■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
VPS54Q9P1Q0 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
VPS54Q9P1Q0 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
VPS54Q9P1Q0 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
VPS54Q9P1Q0 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
VPS54Q9P1Q0 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
VPS54Q9P1Q0 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
VPS54Q9P1Q0 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
VPS54Q9P1Q0 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
VPS54Q9P1Q0 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
VPS54Q9P1Q0 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
VPS54Q9P1Q0 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
VPS54Q9P1Q0 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
VPS54Q9P1Q0 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.93■■■□□ 2.54
VPS54Q9P1Q0 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
VPS54Q9P1Q0 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
VPS54Q9P1Q0 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC30.91■■■□□ 2.54
VPS54Q9P1Q0 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
VPS54Q9P1Q0 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
VPS54Q9P1Q0 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC30.88■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.85■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
VPS54Q9P1Q0 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.3 ms