Protein–RNA interactions for Protein: Q9H3S1

SEMA4A, Semaphorin-4A, humanhuman

Predictions only

Length 761 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA4AQ9H3S1 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
SEMA4AQ9H3S1 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SEMA4AQ9H3S1 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SEMA4AQ9H3S1 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SEMA4AQ9H3S1 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SEMA4AQ9H3S1 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SEMA4AQ9H3S1 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SEMA4AQ9H3S1 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SEMA4AQ9H3S1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SEMA4AQ9H3S1 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SEMA4AQ9H3S1 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SEMA4AQ9H3S1 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SEMA4AQ9H3S1 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SEMA4AQ9H3S1 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SEMA4AQ9H3S1 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SEMA4AQ9H3S1 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
SEMA4AQ9H3S1 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
SEMA4AQ9H3S1 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.7■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SEMA4AQ9H3S1 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SEMA4AQ9H3S1 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SEMA4AQ9H3S1 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SEMA4AQ9H3S1 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SEMA4AQ9H3S1 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SEMA4AQ9H3S1 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SEMA4AQ9H3S1 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SEMA4AQ9H3S1 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SEMA4AQ9H3S1 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SEMA4AQ9H3S1 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SEMA4AQ9H3S1 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SEMA4AQ9H3S1 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SEMA4AQ9H3S1 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SEMA4AQ9H3S1 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
SEMA4AQ9H3S1 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SEMA4AQ9H3S1 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SEMA4AQ9H3S1 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SEMA4AQ9H3S1 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SEMA4AQ9H3S1 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SEMA4AQ9H3S1 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
SEMA4AQ9H3S1 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.2 ms