Protein–RNA interactions for Protein: Q9C0C7

AMBRA1, Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
AMBRA1Q9C0C7 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
AMBRA1Q9C0C7 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
AMBRA1Q9C0C7 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
AMBRA1Q9C0C7 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
AMBRA1Q9C0C7 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
AMBRA1Q9C0C7 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
AMBRA1Q9C0C7 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
AMBRA1Q9C0C7 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
AMBRA1Q9C0C7 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
AMBRA1Q9C0C7 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
AMBRA1Q9C0C7 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
AMBRA1Q9C0C7 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
AMBRA1Q9C0C7 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
AMBRA1Q9C0C7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
AMBRA1Q9C0C7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
AMBRA1Q9C0C7 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
AMBRA1Q9C0C7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
AMBRA1Q9C0C7 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms