Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
BEST3Q8N1M1 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
BEST3Q8N1M1 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
BEST3Q8N1M1 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
BEST3Q8N1M1 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BEST3Q8N1M1 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BEST3Q8N1M1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BEST3Q8N1M1 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BEST3Q8N1M1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BEST3Q8N1M1 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BEST3Q8N1M1 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
BEST3Q8N1M1 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
BEST3Q8N1M1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
BEST3Q8N1M1 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.83■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
BEST3Q8N1M1 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
BEST3Q8N1M1 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms