Protein–RNA interactions for Protein: Q86VR2

RETREG3, Reticulophagy regulator 3, humanhuman

Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RETREG3Q86VR2 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
RETREG3Q86VR2 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
RETREG3Q86VR2 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
RETREG3Q86VR2 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
RETREG3Q86VR2 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
RETREG3Q86VR2 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
RETREG3Q86VR2 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.68
RETREG3Q86VR2 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
RETREG3Q86VR2 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms