Protein–RNA interactions for Protein: Q6STE5

SMARCD3, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily D member 3, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCD3Q6STE5 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCD3Q6STE5 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCD3Q6STE5 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCD3Q6STE5 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCD3Q6STE5 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCD3Q6STE5 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCD3Q6STE5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCD3Q6STE5 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCD3Q6STE5 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SMARCD3Q6STE5 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
SMARCD3Q6STE5 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCD3Q6STE5 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCD3Q6STE5 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCD3Q6STE5 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88 ms