Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP39Q53GS9 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP39Q53GS9 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP39Q53GS9 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP39Q53GS9 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
USP39Q53GS9 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
USP39Q53GS9 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC27.55■■■□□ 2
USP39Q53GS9 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP39Q53GS9 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP39Q53GS9 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.53■■■□□ 2
USP39Q53GS9 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP39Q53GS9 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP39Q53GS9 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP39Q53GS9 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP39Q53GS9 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP39Q53GS9 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP39Q53GS9 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP39Q53GS9 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP39Q53GS9 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP39Q53GS9 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
USP39Q53GS9 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP39Q53GS9 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP39Q53GS9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.3 ms