Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SOX4Q06945 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SOX4Q06945 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SOX4Q06945 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SOX4Q06945 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SOX4Q06945 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SOX4Q06945 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SOX4Q06945 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SOX4Q06945 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SOX4Q06945 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
SOX4Q06945 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SOX4Q06945 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SOX4Q06945 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SOX4Q06945 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SOX4Q06945 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
SOX4Q06945 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SOX4Q06945 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SOX4Q06945 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SOX4Q06945 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SOX4Q06945 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SOX4Q06945 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SOX4Q06945 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SOX4Q06945 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SOX4Q06945 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
SOX4Q06945 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SOX4Q06945 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SOX4Q06945 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SOX4Q06945 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
SOX4Q06945 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SOX4Q06945 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SOX4Q06945 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SOX4Q06945 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
SOX4Q06945 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SOX4Q06945 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
SOX4Q06945 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SOX4Q06945 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
SOX4Q06945 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
SOX4Q06945 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
SOX4Q06945 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SOX4Q06945 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
SOX4Q06945 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
SOX4Q06945 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SOX4Q06945 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SOX4Q06945 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SOX4Q06945 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SOX4Q06945 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
SOX4Q06945 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SOX4Q06945 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SOX4Q06945 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms