Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG3P49916 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG3P49916 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIG3P49916 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIG3P49916 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG3P49916 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG3P49916 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIG3P49916 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIG3P49916 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIG3P49916 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28■■■□□ 2.07
LIG3P49916 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
LIG3P49916 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIG3P49916 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIG3P49916 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG3P49916 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIG3P49916 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIG3P49916 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIG3P49916 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG3P49916 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG3P49916 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIG3P49916 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIG3P49916 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
LIG3P49916 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIG3P49916 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIG3P49916 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIG3P49916 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIG3P49916 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIG3P49916 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIG3P49916 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIG3P49916 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIG3P49916 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIG3P49916 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIG3P49916 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIG3P49916 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIG3P49916 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIG3P49916 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIG3P49916 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIG3P49916 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
LIG3P49916 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG3P49916 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG3P49916 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIG3P49916 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIG3P49916 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIG3P49916 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIG3P49916 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIG3P49916 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIG3P49916 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIG3P49916 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIG3P49916 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
LIG3P49916 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIG3P49916 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
LIG3P49916 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
LIG3P49916 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIG3P49916 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
LIG3P49916 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
LIG3P49916 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
LIG3P49916 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIG3P49916 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
LIG3P49916 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
LIG3P49916 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIG3P49916 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
LIG3P49916 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
LIG3P49916 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
LIG3P49916 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
LIG3P49916 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIG3P49916 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
LIG3P49916 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
LIG3P49916 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIG3P49916 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
LIG3P49916 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIG3P49916 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIG3P49916 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIG3P49916 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
LIG3P49916 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
LIG3P49916 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIG3P49916 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIG3P49916 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
LIG3P49916 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIG3P49916 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIG3P49916 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG3P49916 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG3P49916 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG3P49916 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIG3P49916 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
LIG3P49916 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
LIG3P49916 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIG3P49916 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIG3P49916 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIG3P49916 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIG3P49916 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIG3P49916 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIG3P49916 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIG3P49916 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
LIG3P49916 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIG3P49916 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
LIG3P49916 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27.53■■■□□ 2
LIG3P49916 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
LIG3P49916 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIG3P49916 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC27.52■■■□□ 2
LIG3P49916 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.9 ms