Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
LHX1P48742 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
LHX1P48742 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
LHX1P48742 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
LHX1P48742 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
LHX1P48742 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
LHX1P48742 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
LHX1P48742 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
LHX1P48742 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
LHX1P48742 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
LHX1P48742 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
LHX1P48742 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
LHX1P48742 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
LHX1P48742 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
LHX1P48742 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
LHX1P48742 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
LHX1P48742 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
LHX1P48742 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
LHX1P48742 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
LHX1P48742 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
LHX1P48742 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
LHX1P48742 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LHX1P48742 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LHX1P48742 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LHX1P48742 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LHX1P48742 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
LHX1P48742 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
LHX1P48742 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
LHX1P48742 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LHX1P48742 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.79■■■□□ 2.2
LHX1P48742 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
LHX1P48742 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
LHX1P48742 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
LHX1P48742 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
LHX1P48742 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
LHX1P48742 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
LHX1P48742 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
LHX1P48742 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
LHX1P48742 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
LHX1P48742 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
LHX1P48742 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
LHX1P48742 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
LHX1P48742 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
LHX1P48742 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
LHX1P48742 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
LHX1P48742 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
LHX1P48742 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
LHX1P48742 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LHX1P48742 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
LHX1P48742 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
LHX1P48742 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
LHX1P48742 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
LHX1P48742 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
LHX1P48742 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
LHX1P48742 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
LHX1P48742 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
LHX1P48742 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
LHX1P48742 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
LHX1P48742 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
LHX1P48742 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
LHX1P48742 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LHX1P48742 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
LHX1P48742 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
LHX1P48742 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
LHX1P48742 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
LHX1P48742 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
LHX1P48742 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
LHX1P48742 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LHX1P48742 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
LHX1P48742 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
LHX1P48742 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
LHX1P48742 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
LHX1P48742 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
LHX1P48742 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
LHX1P48742 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
LHX1P48742 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
LHX1P48742 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
LHX1P48742 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
LHX1P48742 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
LHX1P48742 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
LHX1P48742 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
LHX1P48742 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
LHX1P48742 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
LHX1P48742 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
LHX1P48742 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
LHX1P48742 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
LHX1P48742 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
LHX1P48742 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
LHX1P48742 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
LHX1P48742 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
LHX1P48742 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
LHX1P48742 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
LHX1P48742 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
LHX1P48742 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.5■■■□□ 2.15
LHX1P48742 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
LHX1P48742 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.49■■■□□ 2.15
LHX1P48742 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
LHX1P48742 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LHX1P48742 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LHX1P48742 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.8 ms