Protein–RNA interactions for Protein: P16234

PDGFRA, Platelet-derived growth factor receptor alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,089 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDGFRAP16234 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
PDGFRAP16234 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
PDGFRAP16234 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
PDGFRAP16234 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
PDGFRAP16234 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
PDGFRAP16234 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
PDGFRAP16234 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
PDGFRAP16234 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
PDGFRAP16234 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
PDGFRAP16234 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
PDGFRAP16234 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
PDGFRAP16234 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
PDGFRAP16234 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
PDGFRAP16234 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
PDGFRAP16234 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
PDGFRAP16234 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
PDGFRAP16234 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
PDGFRAP16234 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
PDGFRAP16234 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
PDGFRAP16234 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
PDGFRAP16234 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
PDGFRAP16234 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
PDGFRAP16234 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
PDGFRAP16234 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
PDGFRAP16234 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PDGFRAP16234 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
PDGFRAP16234 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms