Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.43
COL3A1P02461 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC36.5■■■■□ 3.43
COL3A1P02461 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.49■■■■□ 3.43
COL3A1P02461 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
COL3A1P02461 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
COL3A1P02461 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC36.46■■■■□ 3.43
COL3A1P02461 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
COL3A1P02461 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
COL3A1P02461 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
COL3A1P02461 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
COL3A1P02461 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC36.43■■■■□ 3.42
COL3A1P02461 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
COL3A1P02461 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
COL3A1P02461 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC36.41■■■■□ 3.42
COL3A1P02461 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.4■■■■□ 3.42
COL3A1P02461 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
COL3A1P02461 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC36.38■■■■□ 3.41
COL3A1P02461 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
COL3A1P02461 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
COL3A1P02461 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
COL3A1P02461 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC36.32■■■■□ 3.41
COL3A1P02461 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
COL3A1P02461 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
COL3A1P02461 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL3A1P02461 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL3A1P02461 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL3A1P02461 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL3A1P02461 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL3A1P02461 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
COL3A1P02461 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
COL3A1P02461 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC36.24■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC36.24■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC36.24■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC36.23■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC36.21■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC36.2■■■■□ 3.39
COL3A1P02461 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
COL3A1P02461 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.18■■■■□ 3.38
COL3A1P02461 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC36.18■■■■□ 3.38
COL3A1P02461 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
COL3A1P02461 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
COL3A1P02461 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC36.16■■■■□ 3.38
COL3A1P02461 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
COL3A1P02461 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
COL3A1P02461 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.38
COL3A1P02461 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
COL3A1P02461 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC36.13■■■■□ 3.37
COL3A1P02461 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
COL3A1P02461 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
COL3A1P02461 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
COL3A1P02461 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
COL3A1P02461 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
COL3A1P02461 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
COL3A1P02461 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
COL3A1P02461 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC36.06■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
COL3A1P02461 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.35
COL3A1P02461 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC36■■■■□ 3.35
COL3A1P02461 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC36■■■■□ 3.35
COL3A1P02461 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
COL3A1P02461 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
COL3A1P02461 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.98■■■■□ 3.35
COL3A1P02461 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
COL3A1P02461 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC35.92■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC35.9■■■■□ 3.34
COL3A1P02461 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.86■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.85■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC35.84■■■■□ 3.33
COL3A1P02461 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC35.82■■■■□ 3.32
COL3A1P02461 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC35.82■■■■□ 3.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms