Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LDB3O75112 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LDB3O75112 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LDB3O75112 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LDB3O75112 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LDB3O75112 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LDB3O75112 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LDB3O75112 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LDB3O75112 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LDB3O75112 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LDB3O75112 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LDB3O75112 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LDB3O75112 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
LDB3O75112 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LDB3O75112 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LDB3O75112 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LDB3O75112 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LDB3O75112 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LDB3O75112 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
LDB3O75112 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LDB3O75112 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LDB3O75112 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LDB3O75112 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LDB3O75112 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LDB3O75112 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LDB3O75112 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LDB3O75112 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
LDB3O75112 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
LDB3O75112 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
LDB3O75112 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
LDB3O75112 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
LDB3O75112 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LDB3O75112 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
LDB3O75112 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
LDB3O75112 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
LDB3O75112 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LDB3O75112 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LDB3O75112 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LDB3O75112 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
LDB3O75112 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LDB3O75112 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
LDB3O75112 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
LDB3O75112 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
LDB3O75112 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LDB3O75112 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
LDB3O75112 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LDB3O75112 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LDB3O75112 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LDB3O75112 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LDB3O75112 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LDB3O75112 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LDB3O75112 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LDB3O75112 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LDB3O75112 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
LDB3O75112 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
LDB3O75112 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LDB3O75112 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LDB3O75112 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LDB3O75112 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LDB3O75112 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LDB3O75112 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LDB3O75112 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LDB3O75112 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LDB3O75112 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LDB3O75112 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LDB3O75112 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LDB3O75112 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LDB3O75112 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LDB3O75112 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LDB3O75112 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
LDB3O75112 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LDB3O75112 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LDB3O75112 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LDB3O75112 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LDB3O75112 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LDB3O75112 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LDB3O75112 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LDB3O75112 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LDB3O75112 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LDB3O75112 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LDB3O75112 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LDB3O75112 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LDB3O75112 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LDB3O75112 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LDB3O75112 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LDB3O75112 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LDB3O75112 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LDB3O75112 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LDB3O75112 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LDB3O75112 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LDB3O75112 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LDB3O75112 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LDB3O75112 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LDB3O75112 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LDB3O75112 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LDB3O75112 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LDB3O75112 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LDB3O75112 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LDB3O75112 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LDB3O75112 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms