Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
MSH5O43196 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
MSH5O43196 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
MSH5O43196 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
MSH5O43196 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
MSH5O43196 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
MSH5O43196 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC36.09■■■■□ 3.37
MSH5O43196 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.09■■■■□ 3.37
MSH5O43196 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
MSH5O43196 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
MSH5O43196 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
MSH5O43196 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
MSH5O43196 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
MSH5O43196 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
MSH5O43196 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
MSH5O43196 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
MSH5O43196 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
MSH5O43196 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
MSH5O43196 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
MSH5O43196 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
MSH5O43196 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC36.01■■■■□ 3.36
MSH5O43196 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
MSH5O43196 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC35.98■■■■□ 3.35
MSH5O43196 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
MSH5O43196 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
MSH5O43196 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC35.96■■■■□ 3.35
MSH5O43196 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
MSH5O43196 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC35.93■■■■□ 3.34
MSH5O43196 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC35.92■■■■□ 3.34
MSH5O43196 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
MSH5O43196 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC35.91■■■■□ 3.34
MSH5O43196 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
MSH5O43196 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.9■■■■□ 3.34
MSH5O43196 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.9■■■■□ 3.34
MSH5O43196 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
MSH5O43196 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
MSH5O43196 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC35.88■■■■□ 3.33
MSH5O43196 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
MSH5O43196 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
MSH5O43196 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
MSH5O43196 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
MSH5O43196 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC35.87■■■■□ 3.33
MSH5O43196 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC35.86■■■■□ 3.33
MSH5O43196 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
MSH5O43196 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.84■■■■□ 3.33
MSH5O43196 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC35.83■■■■□ 3.33
MSH5O43196 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC35.83■■■■□ 3.33
MSH5O43196 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC35.83■■■■□ 3.33
MSH5O43196 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
MSH5O43196 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
MSH5O43196 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC35.83■■■■□ 3.33
MSH5O43196 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
MSH5O43196 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC35.82■■■■□ 3.32
MSH5O43196 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
MSH5O43196 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC35.81■■■■□ 3.32
MSH5O43196 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
MSH5O43196 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
MSH5O43196 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
MSH5O43196 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC35.77■■■■□ 3.32
MSH5O43196 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC35.77■■■■□ 3.32
MSH5O43196 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
MSH5O43196 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC35.76■■■■□ 3.32
MSH5O43196 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC35.76■■■■□ 3.32
MSH5O43196 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
MSH5O43196 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
MSH5O43196 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC35.74■■■■□ 3.31
MSH5O43196 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.74■■■■□ 3.31
MSH5O43196 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
MSH5O43196 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
MSH5O43196 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC35.72■■■■□ 3.31
MSH5O43196 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
MSH5O43196 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
MSH5O43196 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
MSH5O43196 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC35.7■■■■□ 3.31
MSH5O43196 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
MSH5O43196 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
MSH5O43196 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
MSH5O43196 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC35.66■■■■□ 3.3
MSH5O43196 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC35.66■■■■□ 3.3
MSH5O43196 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC35.64■■■■□ 3.3
MSH5O43196 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
MSH5O43196 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
MSH5O43196 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
MSH5O43196 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
MSH5O43196 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
MSH5O43196 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
MSH5O43196 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
MSH5O43196 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC35.57■■■■□ 3.28
MSH5O43196 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC35.56■■■■□ 3.28
MSH5O43196 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
MSH5O43196 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
MSH5O43196 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
MSH5O43196 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
MSH5O43196 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
MSH5O43196 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
MSH5O43196 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
MSH5O43196 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC35.48■■■■□ 3.27
MSH5O43196 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
MSH5O43196 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.46■■■■□ 3.27
MSH5O43196 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms