Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.62■■■■□ 3.13
NPHP1O15259 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.61■■■■□ 3.13
NPHP1O15259 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
NPHP1O15259 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
NPHP1O15259 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
NPHP1O15259 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC34.52■■■■□ 3.12
NPHP1O15259 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC34.52■■■■□ 3.12
NPHP1O15259 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.5■■■■□ 3.11
NPHP1O15259 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC34.49■■■■□ 3.11
NPHP1O15259 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC34.49■■■■□ 3.11
NPHP1O15259 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP1O15259 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP1O15259 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
NPHP1O15259 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC34.45■■■■□ 3.1
NPHP1O15259 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP1O15259 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP1O15259 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP1O15259 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP1O15259 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP1O15259 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
NPHP1O15259 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
NPHP1O15259 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
NPHP1O15259 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC34.36■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
NPHP1O15259 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC34.28■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
NPHP1O15259 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
NPHP1O15259 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
NPHP1O15259 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
NPHP1O15259 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC34.23■■■■□ 3.07
NPHP1O15259 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
NPHP1O15259 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
NPHP1O15259 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC34.21■■■■□ 3.07
NPHP1O15259 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
NPHP1O15259 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC34.2■■■■□ 3.07
NPHP1O15259 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
NPHP1O15259 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
NPHP1O15259 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
NPHP1O15259 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
NPHP1O15259 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC34.16■■■■□ 3.06
NPHP1O15259 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
NPHP1O15259 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
NPHP1O15259 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
NPHP1O15259 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
NPHP1O15259 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.13■■■■□ 3.05
NPHP1O15259 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
NPHP1O15259 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
NPHP1O15259 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
NPHP1O15259 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC34.09■■■■□ 3.05
NPHP1O15259 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
NPHP1O15259 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
NPHP1O15259 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.04
NPHP1O15259 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC34.07■■■■□ 3.04
NPHP1O15259 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
NPHP1O15259 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP1O15259 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP1O15259 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP1O15259 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
NPHP1O15259 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
NPHP1O15259 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
NPHP1O15259 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
NPHP1O15259 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP1O15259 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP1O15259 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
NPHP1O15259 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
NPHP1O15259 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.03
NPHP1O15259 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC33.92■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
NPHP1O15259 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC33.91■■■■□ 3.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms