Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 COQ6-208ENST00000554320 864 ntTSL 512.24□□□□□ -0.457e-6■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 COQ6-213ENST00000555511 1132 ntTSL 211.96□□□□□ -0.497e-6■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 EIF4G2-222ENST00000532120 223 ntTSL 32.69□□□□□ -1.983e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.21■■■■□ 3.553e-15■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.223e-15■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.73e-15■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.33e-15■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.233e-15■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.193e-15■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.093e-15■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 MPST-207ENST00000485587 5872 ntTSL 220.95■□□□□ 0.943e-15■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 H2AFZ-202ENST00000511203 1880 ntTSL 239.62■■■■□ 3.931e-16■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 H2AFZ-203ENST00000511319 1254 ntTSL 1 (best)38.82■■■■□ 3.81e-16■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.481e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.141e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.121e-16■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.11e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.081e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.921e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 H2AFZ-204ENST00000511348 1843 ntTSL 1 (best)17.76■□□□□ 0.431e-16■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-215ENST00000519824 3798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.211e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 H2AFZ-205ENST00000527366 435 ntTSL 316.35■□□□□ 0.211e-16■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-220ENST00000522250 1647 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.081e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 KIF23-211ENST00000560042 565 ntTSL 214.02□□□□□ -0.171e-12■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 H2AFZ-206ENST00000529158 726 ntTSL 313.38□□□□□ -0.271e-16■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-226ENST00000523509 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.891e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-212ENST00000519110 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.491e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 FAM49B-225ENST00000523288 4552 ntTSL 24.59□□□□□ -1.681e-8■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 PTTG1IP-205ENST00000474737 580 ntTSL 320.95■□□□□ 0.942e-11■■■□□ 18.4
U2AF1Q01081 TNFRSF10B-206ENST00000520109 674 ntTSL 225.59■■□□□ 1.696e-10■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 MRPS25-202ENST00000420267 590 ntTSL 416.42■□□□□ 0.223e-14■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 KIF14-201ENST00000367350 7274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.033e-6■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 MRPS25-201ENST00000253686 4586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.113e-14■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 MRPS25-207ENST00000496484 823 ntTSL 213.81□□□□□ -0.23e-14■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 MRPS25-206ENST00000474866 540 ntTSL 313.48□□□□□ -0.253e-14■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 AC079466.1-201ENST00000587961 4453 ntTSL 2 BASIC11.82□□□□□ -0.521e-18■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 MRPS25-205ENST00000449354 1119 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.543e-14■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 SUGP2-207ENST00000597095 536 ntTSL 211.01□□□□□ -0.659e-7■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 TNFRSF10B-208ENST00000523752 3328 ntTSL 1 (best)10.28□□□□□ -0.766e-10■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 WSB1-207ENST00000579733 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.249e-21■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 ARID1A-208ENST00000532781 2583 ntTSL 1 (best)18.49■□□□□ 0.552e-17■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 ARID1A-206ENST00000466382 2699 ntTSL 216.25■□□□□ 0.192e-17■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 ARID1A-217ENST00000637788 3046 nt13□□□□□ -0.332e-17■■■□□ 18.3
U2AF1Q01081 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.783e-18■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 MARS-215ENST00000548944 294 ntTSL 318.83■□□□□ 0.63e-18■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 MARS-204ENST00000545888 2979 ntTSL 518.8■□□□□ 0.63e-18■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 MARS-201ENST00000262027 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.333e-18■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 MARS-203ENST00000537638 3592 ntTSL 216.4■□□□□ 0.223e-18■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 MARS-230ENST00000552914 734 ntTSL 38.28□□□□□ -1.083e-18■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 MARS-209ENST00000547665 670 ntTSL 25.7□□□□□ -1.53e-18■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.221e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-205ENST00000420394 1634 ntTSL 1 (best)26.68■■□□□ 1.861e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-204ENST00000415132 1645 ntTSL 526.05■■□□□ 1.761e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.421e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-216ENST00000495366 2386 ntTSL 219.75■□□□□ 0.751e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 DNM2-222ENST00000593220 561 ntTSL 318.73■□□□□ 0.592e-10■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-206ENST00000427408 559 ntTSL 318.28■□□□□ 0.521e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-214ENST00000484585 554 ntTSL 418.19■□□□□ 0.51e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-203ENST00000413305 1874 ntTSL 1 (best)17.01■□□□□ 0.311e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-201ENST00000317371 2561 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.161e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-213ENST00000483845 482 ntTSL 315.94■□□□□ 0.141e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-207ENST00000435138 2632 ntTSL 215.88■□□□□ 0.131e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-210ENST00000466215 492 ntTSL 314.87□□□□□ -0.031e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SSUH2-208ENST00000455157 3219 ntTSL 214.37□□□□□ -0.111e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 FANCA-221ENST00000566889 2201 ntTSL 1 (best)30.95■■■□□ 2.554e-8■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 CADM1-207ENST00000537140 1646 ntTSL 1 (best)29.44■■■□□ 2.32e-7■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.192e-7■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 UBE2E1-207ENST00000475680 1138 ntTSL 527.95■■■□□ 2.067e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.77e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.57e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.24e-8■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 CADM1-218ENST00000545380 2373 ntTSL 1 (best)22.34■■□□□ 1.172e-7■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 UBE2E1-211ENST00000495141 582 ntTSL 221.61■■□□□ 1.057e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 UBE2E1-204ENST00000442670 622 ntTSL 221.17■□□□□ 0.987e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 RARS-208ENST00000522834 559 ntTSL 520.29■□□□□ 0.841e-9■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.84e-8■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.497e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.454e-8■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 FANCA-205ENST00000543736 1000 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.324e-8■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 CADM1-204ENST00000536727 3520 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.292e-7■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 FANCA-218ENST00000565582 812 ntTSL 316■□□□□ 0.154e-8■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 CADM1-206ENST00000537058 3550 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.082e-7■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 CADM1-212ENST00000542447 4223 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.092e-7■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 RARS-201ENST00000231572 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.214e-8■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 FANCA-225ENST00000567621 618 ntTSL 313.24□□□□□ -0.294e-8■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 UBE2E1-206ENST00000467766 585 ntTSL 2 BASIC12.46□□□□□ -0.417e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 UBE2E1-203ENST00000424381 1224 ntTSL 2 BASIC12.46□□□□□ -0.417e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 CADM1-203ENST00000452722 8588 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.52e-7■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 PCNX1-201ENST00000304743 12919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.71□□□□□ -0.867e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 RARS-204ENST00000520013 1990 ntTSL 28.66□□□□□ -1.024e-8■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 UBE2E1-205ENST00000452012 1166 ntTSL 38.29□□□□□ -1.087e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 PCNX1-207ENST00000554691 4204 ntTSL 1 (best)7.75□□□□□ -1.177e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 EHBP1-212ENST00000454124 329 ntTSL 36.63□□□□□ -1.357e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 PCM1-219ENST00000523540 640 ntTSL 25.99□□□□□ -1.457e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 ATF2-220ENST00000478905 697 ntTSL 34.44□□□□□ -1.77e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 uc_338.28-201ENST00000612082 187 ntBASIC0.15□□□□□ -2.397e-6■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 VMP1-216ENST00000592790 4325 nt4.4□□□□□ -1.71e-15■■■□□ 18.2
U2AF1Q01081 SFSWAP-207ENST00000538548 2636 ntTSL 523.14■■□□□ 1.295e-8■■■□□ 18.1
U2AF1Q01081 SFSWAP-203ENST00000535236 5593 ntTSL 1 (best)23.01■■□□□ 1.275e-8■■■□□ 18.1
U2AF1Q01081 SFSWAP-201ENST00000261674 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.565e-8■■■□□ 18.1
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 63 ms