Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.013e-8■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.943e-8■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 DNM2-204ENST00000408974 3013 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.453e-8■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 DNM2-210ENST00000587830 868 ntTSL 515.01□□□□□ -0.013e-8■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-202ENST00000416138 552 ntTSL 426.17■■□□□ 1.785e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-211ENST00000452268 1448 ntTSL 522.67■■□□□ 1.225e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-207ENST00000444759 2717 ntTSL 218.6■□□□□ 0.575e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-210ENST00000451819 693 ntTSL 518.39■□□□□ 0.535e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-212ENST00000464738 540 ntTSL 416.96■□□□□ 0.315e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-205ENST00000425656 1526 ntTSL 516.64■□□□□ 0.255e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-203ENST00000418735 594 ntTSL 416.45■□□□□ 0.225e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-209ENST00000448075 701 ntTSL 514.86□□□□□ -0.035e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-201ENST00000354204 5253 ntTSL 1 (best)13.06□□□□□ -0.325e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-206ENST00000431828 5153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.415e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-218ENST00000487070 4937 ntTSL 1 (best)12.21□□□□□ -0.455e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-204ENST00000420155 5028 ntTSL 1 (best)12.15□□□□□ -0.465e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-208ENST00000447759 5012 ntTSL 512.1□□□□□ -0.475e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 KANSL3-220ENST00000597150 2811 ntTSL 211.54□□□□□ -0.565e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 CCAR1-205ENST00000483264 487 ntTSL 57.92□□□□□ -1.142e-6■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 STAM-202ENST00000377524 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.73e-6■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 STAM-201ENST00000377500 729 ntTSL 519.06■□□□□ 0.643e-6■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 PABPN1-205ENST00000555295 406 ntTSL 317.18■□□□□ 0.343e-50■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 MARCH6-203ENST00000502795 580 ntTSL 418.6■□□□□ 0.572e-9■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 MARCH6-209ENST00000510872 577 ntTSL 416.24■□□□□ 0.192e-9■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 MARCH6-207ENST00000507863 582 ntTSL 410.49□□□□□ -0.732e-9■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 MARCH6-215ENST00000640713 231 ntTSL 5 BASIC4.61□□□□□ -1.672e-9■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 AC005208.1-202ENST00000587325 725 ntTSL 3 BASIC9.5□□□□□ -0.894e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 AC005208.1-201ENST00000435112 599 ntTSL 3 BASIC6.14□□□□□ -1.434e-7■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 DNMT3B-204ENST00000353855 4237 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.456e-10■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 DNMT3B-202ENST00000328111 4336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.446e-10■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 DNMT3B-206ENST00000456297 2315 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.346e-10■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 DNMT3B-203ENST00000348286 4048 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.316e-10■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 DNMT3B-205ENST00000443239 2674 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.266e-10■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 DNMT3B-201ENST00000201963 4255 ntTSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.16e-10■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 HSP90AA1-201ENST00000216281 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.581e-15■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 HSP90AA1-202ENST00000334701 3510 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.171e-15■■■■□ 19.3
U2AF1Q01081 AC015813.2-201ENST00000578794 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC3.92□□□□□ -1.788e-9■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MCM7-206ENST00000465688 481 ntTSL 324.26■■□□□ 1.473e-13■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MCM7-207ENST00000465738 448 ntTSL 212.74□□□□□ -0.373e-13■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ENPP1-203ENST00000486853 732 ntTSL 239.75■■■■□ 3.957e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.317e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.237e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.117e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.17e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.857e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.817e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.737e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ATP11A-203ENST00000415301 550 ntTSL 417.39■□□□□ 0.377e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ATP11A-206ENST00000419631 2446 ntTSL 317.16■□□□□ 0.347e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 LRPPRC-201ENST00000260665 6335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.017e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ATP11A-214ENST00000493489 583 ntTSL 314.36□□□□□ -0.117e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ERBB3-214ENST00000550070 2729 ntTSL 1 (best)13.09□□□□□ -0.317e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ARHGEF28-206ENST00000504003 539 ntTSL 412.2□□□□□ -0.467e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MRPS31P5-205ENST00000607588 485 ntTSL 411.5□□□□□ -0.577e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ARHGEF28-210ENST00000510312 8285 ntTSL 211.24□□□□□ -0.617e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MRPS31P5-201ENST00000416599 3494 ntTSL 2 BASIC10.48□□□□□ -0.737e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ERBB3-221ENST00000553131 3237 ntTSL 2 BASIC9.94□□□□□ -0.827e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 LRPPRC-207ENST00000467058 557 ntTSL 37.78□□□□□ -1.167e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 AL158066.1-201ENST00000451298 3796 ntTSL 2 BASIC6.71□□□□□ -1.347e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.213e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 QKI-204ENST00000361758 6085 ntTSL 528.75■■■□□ 2.193e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MSH5-215ENST00000482280 944 ntTSL 226.6■■□□□ 1.854e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MSH5-207ENST00000425703 694 ntTSL 524.7■■□□□ 1.544e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.513e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.233e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.193e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MAP3K7-205ENST00000369332 4830 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.144e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MAP3K7-204ENST00000369329 4911 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.24e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 TRIM27-203ENST00000414543 1813 ntTSL 313.6□□□□□ -0.234e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 QKI-210ENST00000537883 1106 ntTSL 311.78□□□□□ -0.523e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 NBAS-201ENST00000281513 7281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.544e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MAP3K7-203ENST00000369327 4558 ntTSL 1 (best) BASIC7.3□□□□□ -1.244e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MAP3K7-201ENST00000369320 3328 ntTSL 5 BASIC7.14□□□□□ -1.274e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 QKI-217ENST00000545607 846 ntTSL 56.43□□□□□ -1.383e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 QKI-213ENST00000544361 613 ntTSL 54.88□□□□□ -1.633e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MAP3K7-202ENST00000369325 4633 ntTSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.644e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 QKI-202ENST00000361195 1063 ntTSL 1 (best) BASIC4.6□□□□□ -1.673e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MAP3K7-206ENST00000479630 2214 ntTSL 23.36□□□□□ -1.874e-10■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 SPAG5-201ENST00000321765 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.042e-12■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 SPAG5-207ENST00000580083 978 ntTSL 311.92□□□□□ -0.52e-12■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 SPAG5-202ENST00000378976 755 ntTSL 57.51□□□□□ -1.212e-12■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.354e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.067e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-209ENST00000502749 790 ntTSL 525.9■■□□□ 1.747e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-216ENST00000510483 719 ntTSL 425.69■■□□□ 1.77e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MMD-202ENST00000571578 670 ntTSL 323.16■■□□□ 1.34e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-213ENST00000508603 538 ntTSL 422.04■■□□□ 1.127e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.14e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.054e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.957e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 SRRT-209ENST00000474896 726 ntTSL 320.88■□□□□ 0.934e-24■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 SRRT-201ENST00000423692 727 ntTSL 519.71■□□□□ 0.754e-24■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-207ENST00000444273 3402 ntTSL 1 (best)19.7■□□□□ 0.747e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 SRRT-219ENST00000641476 992 nt19.53■□□□□ 0.724e-24■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.617e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 SRRT-217ENST00000618411 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.587e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZNF451-206ENST00000370711 609 ntTSL 417.72■□□□□ 0.437e-7■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 ZKSCAN1-202ENST00000426572 2011 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.364e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 EPB41L5-205ENST00000452780 6410 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.094e-6■■■□□ 19.2
U2AF1Q01081 SRRT-216ENST00000618262 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.087e-7■■■□□ 19.2
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 54.8 ms