Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.042e-6■■■■■ 172.6
SF3B1O75533 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.972e-6■■■■■ 172.6
SF3B1O75533 LRRC14-204ENST00000528528 1408 ntTSL 331.91■■■□□ 2.71e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM58A-208ENST00000621629 1220 ntTSL 531.73■■■□□ 2.671e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM58A-207ENST00000620088 1160 ntTSL 331.73■■■□□ 2.671e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.671e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 GPS1-225ENST00000585084 997 ntTSL 331.37■■■□□ 2.611e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.87■■■□□ 2.532e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 EVA1B-202ENST00000490466 699 ntTSL 230.85■■■□□ 2.531e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TAPT1-AS1-202ENST00000573308 1031 ntTSL 229.84■■■□□ 2.371e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.31e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.291e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KTN1-215ENST00000554567 730 ntTSL 529.37■■■□□ 2.291e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KLF13-206ENST00000558921 440 ntTSL 328.98■■■□□ 2.231e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.221e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.192e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TCEA2-201ENST00000339217 953 ntTSL 328.75■■■□□ 2.191e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ST3GAL5-201ENST00000306262 779 ntTSL 528.61■■■□□ 2.171e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.121e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.071e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TAZ-218ENST00000614595 926 ntTSL 227.94■■■□□ 2.061e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FBXW5-206ENST00000483559 2392 ntTSL 227.36■■□□□ 1.972e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.931e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TAZ-222ENST00000617701 770 ntTSL 327■■□□□ 1.911e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PTMA-206ENST00000412128 863 ntTSL 326.99■■□□□ 1.911e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 GPS1-223ENST00000584229 535 ntTSL 326.99■■□□□ 1.911e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MYRF-206ENST00000537766 1392 ntTSL 326.88■■□□□ 1.892e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.891e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MPZL1-207ENST00000465787 1305 ntTSL 1 (best)26.78■■□□□ 1.881e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 STX1A-214ENST00000497980 503 ntTSL 326.75■■□□□ 1.871e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.861e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TCEA2-216ENST00000487164 1060 ntTSL 1 (best)26.56■■□□□ 1.841e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.841e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM185A-203ENST00000418198 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 326.38■■□□□ 1.811e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ZEB1-214ENST00000558863 1355 ntTSL 526.36■■□□□ 1.812e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PUS1-204ENST00000456665 577 ntTSL 526.32■■□□□ 1.81e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.81e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PUS1-210ENST00000544213 687 ntTSL 526.32■■□□□ 1.81e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 STAT5A-202ENST00000444283 515 ntTSL 426.21■■□□□ 1.791e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FBXW5-204ENST00000459905 2339 ntTSL 226.04■■□□□ 1.762e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PXK-207ENST00000468776 1653 ntTSL 1 (best)25.96■■□□□ 1.751e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.731e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PXK-212ENST00000491164 583 ntTSL 425.88■■□□□ 1.731e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PEMT-208ENST00000472446 473 ntTSL 325.76■■□□□ 1.711e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.711e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.712e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RASSF3-203ENST00000540088 435 ntTSL 525.66■■□□□ 1.71e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.691e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.681e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.672e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PEMT-207ENST00000461404 591 ntTSL 525.47■■□□□ 1.671e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.652e-6■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.641e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.631e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TRIP10-204ENST00000595319 776 ntTSL 525.25■■□□□ 1.631e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.631e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 GLB1-205ENST00000436768 558 ntTSL 325.24■■□□□ 1.631e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.621e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.611e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 RNASEK-C17orf49-202ENST00000547863 1662 ntTSL 225.1■■□□□ 1.611e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TOR1AIP1-209ENST00000529091 587 ntTSL 425.06■■□□□ 1.61e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.61e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PEMT-212ENST00000580147 708 ntTSL 325.03■■□□□ 1.61e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.571e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 STX10-208ENST00000591197 907 ntTSL 324.83■■□□□ 1.561e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.561e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CAPN10-212ENST00000463653 787 ntTSL 224.75■■□□□ 1.551e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ULK3-213ENST00000566631 1633 ntTSL 224.73■■□□□ 1.551e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.551e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.541e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.541e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.541e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.531e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FGFR4-216ENST00000514472 552 ntTSL 424.6■■□□□ 1.531e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.531e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 KANTR-201ENST00000366185 1063 ntTSL 324.56■■□□□ 1.521e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.512e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TRIP10-211ENST00000600491 1493 ntTSL 224.5■■□□□ 1.511e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.491e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BCAP31-206ENST00000442093 793 ntTSL 224.35■■□□□ 1.491e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 JADE2-206ENST00000431355 887 ntTSL 324.29■■□□□ 1.481e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MFSD14C-207ENST00000637811 900 ntTSL 324.2■■□□□ 1.461e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TUSC2-205ENST00000462137 834 ntTSL 324.11■■□□□ 1.451e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TMEM164-208ENST00000497754 236 ntTSL 224.1■■□□□ 1.452e-14■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.441e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PUS1-207ENST00000538037 631 ntTSL 523.96■■□□□ 1.431e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.421e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.421e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 LPAR2-204ENST00000588233 558 ntTSL 323.88■■□□□ 1.411e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 PUS1-211ENST00000544662 836 ntTSL 323.86■■□□□ 1.411e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.391e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC35F2-202ENST00000524991 562 ntTSL 423.73■■□□□ 1.391e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 TUSC2-204ENST00000454201 735 ntTSL 523.72■■□□□ 1.391e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MPZL1-206ENST00000464954 607 ntTSL 223.69■■□□□ 1.381e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.381e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.381e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.381e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM219A-208ENST00000422409 798 ntTSL 223.66■■□□□ 1.381e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.381e-7■■■■■ 172.3
SF3B1O75533 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.381e-7■■■■■ 172.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 291.2 ms