Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
PCDH9Q9HC56 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
PCDH9Q9HC56 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
PCDH9Q9HC56 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
PCDH9Q9HC56 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
PCDH9Q9HC56 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
PCDH9Q9HC56 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
PCDH9Q9HC56 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
PCDH9Q9HC56 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
PCDH9Q9HC56 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
PCDH9Q9HC56 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
PCDH9Q9HC56 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
PCDH9Q9HC56 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
PCDH9Q9HC56 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
PCDH9Q9HC56 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
PCDH9Q9HC56 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
PCDH9Q9HC56 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
PCDH9Q9HC56 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.67■■■□□ 2.18
PCDH9Q9HC56 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
PCDH9Q9HC56 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
PCDH9Q9HC56 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
PCDH9Q9HC56 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
PCDH9Q9HC56 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
PCDH9Q9HC56 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
PCDH9Q9HC56 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
PCDH9Q9HC56 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
PCDH9Q9HC56 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
PCDH9Q9HC56 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
PCDH9Q9HC56 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
PCDH9Q9HC56 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.57■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.54■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
PCDH9Q9HC56 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
PCDH9Q9HC56 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
PCDH9Q9HC56 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
PCDH9Q9HC56 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
PCDH9Q9HC56 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
PCDH9Q9HC56 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
PCDH9Q9HC56 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
PCDH9Q9HC56 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
PCDH9Q9HC56 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
PCDH9Q9HC56 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
PCDH9Q9HC56 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
PCDH9Q9HC56 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
PCDH9Q9HC56 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
PCDH9Q9HC56 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.13
PCDH9Q9HC56 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
PCDH9Q9HC56 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
PCDH9Q9HC56 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
PCDH9Q9HC56 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
PCDH9Q9HC56 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
PCDH9Q9HC56 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
PCDH9Q9HC56 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
PCDH9Q9HC56 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
PCDH9Q9HC56 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
PCDH9Q9HC56 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
PCDH9Q9HC56 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
PCDH9Q9HC56 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
PCDH9Q9HC56 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
PCDH9Q9HC56 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
PCDH9Q9HC56 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
PCDH9Q9HC56 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
PCDH9Q9HC56 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PCDH9Q9HC56 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PCDH9Q9HC56 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PCDH9Q9HC56 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
PCDH9Q9HC56 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
PCDH9Q9HC56 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
PCDH9Q9HC56 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PCDH9Q9HC56 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms