Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HDDC3Q8N4P3 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HDDC3Q8N4P3 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HDDC3Q8N4P3 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HDDC3Q8N4P3 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HDDC3Q8N4P3 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HDDC3Q8N4P3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HDDC3Q8N4P3 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HDDC3Q8N4P3 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HDDC3Q8N4P3 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HDDC3Q8N4P3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
HDDC3Q8N4P3 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HDDC3Q8N4P3 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HDDC3Q8N4P3 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HDDC3Q8N4P3 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
HDDC3Q8N4P3 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HDDC3Q8N4P3 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
HDDC3Q8N4P3 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HDDC3Q8N4P3 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
HDDC3Q8N4P3 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
HDDC3Q8N4P3 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
HDDC3Q8N4P3 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
HDDC3Q8N4P3 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
HDDC3Q8N4P3 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
HDDC3Q8N4P3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
HDDC3Q8N4P3 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
HDDC3Q8N4P3 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
HDDC3Q8N4P3 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
HDDC3Q8N4P3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
HDDC3Q8N4P3 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
HDDC3Q8N4P3 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
HDDC3Q8N4P3 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
HDDC3Q8N4P3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HDDC3Q8N4P3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
HDDC3Q8N4P3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HDDC3Q8N4P3 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
HDDC3Q8N4P3 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HDDC3Q8N4P3 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HDDC3Q8N4P3 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HDDC3Q8N4P3 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HDDC3Q8N4P3 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
HDDC3Q8N4P3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms