Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP53Q70EK8 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP53Q70EK8 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP53Q70EK8 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
USP53Q70EK8 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP53Q70EK8 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP53Q70EK8 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP53Q70EK8 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP53Q70EK8 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP53Q70EK8 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27■■□□□ 1.91
USP53Q70EK8 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
USP53Q70EK8 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
USP53Q70EK8 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
USP53Q70EK8 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
USP53Q70EK8 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
USP53Q70EK8 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
USP53Q70EK8 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP53Q70EK8 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
USP53Q70EK8 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP53Q70EK8 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP53Q70EK8 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP53Q70EK8 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP53Q70EK8 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP53Q70EK8 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP53Q70EK8 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP53Q70EK8 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP53Q70EK8 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP53Q70EK8 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP53Q70EK8 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP53Q70EK8 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP53Q70EK8 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP53Q70EK8 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP53Q70EK8 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP53Q70EK8 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP53Q70EK8 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP53Q70EK8 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP53Q70EK8 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP53Q70EK8 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP53Q70EK8 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
USP53Q70EK8 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
USP53Q70EK8 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.57■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
USP53Q70EK8 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
USP53Q70EK8 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
USP53Q70EK8 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
USP53Q70EK8 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms