Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
VPS53Q5VIR6 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
VPS53Q5VIR6 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
VPS53Q5VIR6 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
VPS53Q5VIR6 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC33.44■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC33.39■■■□□ 2.94
VPS53Q5VIR6 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
VPS53Q5VIR6 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
VPS53Q5VIR6 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
VPS53Q5VIR6 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
VPS53Q5VIR6 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC33.35■■■□□ 2.93
VPS53Q5VIR6 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
VPS53Q5VIR6 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
VPS53Q5VIR6 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
VPS53Q5VIR6 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
VPS53Q5VIR6 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC33.3■■■□□ 2.92
VPS53Q5VIR6 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
VPS53Q5VIR6 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
VPS53Q5VIR6 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC33.28■■■□□ 2.92
VPS53Q5VIR6 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.92
VPS53Q5VIR6 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
VPS53Q5VIR6 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
VPS53Q5VIR6 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
VPS53Q5VIR6 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC33.18■■■□□ 2.9
VPS53Q5VIR6 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC33.18■■■□□ 2.9
VPS53Q5VIR6 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
VPS53Q5VIR6 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC33.16■■■□□ 2.9
VPS53Q5VIR6 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
VPS53Q5VIR6 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
VPS53Q5VIR6 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
VPS53Q5VIR6 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
VPS53Q5VIR6 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
VPS53Q5VIR6 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
VPS53Q5VIR6 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
VPS53Q5VIR6 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC33.09■■■□□ 2.89
VPS53Q5VIR6 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
VPS53Q5VIR6 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC33.05■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC33.04■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC33.01■■■□□ 2.88
VPS53Q5VIR6 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC32.98■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.97■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC32.96■■■□□ 2.87
VPS53Q5VIR6 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
VPS53Q5VIR6 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC32.87■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.86■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC32.85■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
VPS53Q5VIR6 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC32.82■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC32.82■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC32.82■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms