Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL4A3Q01955 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL4A3Q01955 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL4A3Q01955 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
COL4A3Q01955 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL4A3Q01955 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL4A3Q01955 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL4A3Q01955 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL4A3Q01955 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL4A3Q01955 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL4A3Q01955 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL4A3Q01955 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL4A3Q01955 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
COL4A3Q01955 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL4A3Q01955 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL4A3Q01955 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL4A3Q01955 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL4A3Q01955 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL4A3Q01955 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
COL4A3Q01955 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL4A3Q01955 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL4A3Q01955 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL4A3Q01955 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL4A3Q01955 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL4A3Q01955 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
COL4A3Q01955 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL4A3Q01955 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL4A3Q01955 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL4A3Q01955 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL4A3Q01955 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL4A3Q01955 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL4A3Q01955 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
COL4A3Q01955 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL4A3Q01955 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
COL4A3Q01955 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.64■■■□□ 2.17
COL4A3Q01955 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.17
COL4A3Q01955 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL4A3Q01955 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL4A3Q01955 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
COL4A3Q01955 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
COL4A3Q01955 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
COL4A3Q01955 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
COL4A3Q01955 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL4A3Q01955 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL4A3Q01955 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL4A3Q01955 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL4A3Q01955 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL4A3Q01955 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL4A3Q01955 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL4A3Q01955 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL4A3Q01955 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL4A3Q01955 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A3Q01955 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL4A3Q01955 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL4A3Q01955 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL4A3Q01955 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL4A3Q01955 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL4A3Q01955 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms