Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
COL9A1P20849 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
COL9A1P20849 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL9A1P20849 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL9A1P20849 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL9A1P20849 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL9A1P20849 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
COL9A1P20849 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL9A1P20849 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL9A1P20849 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL9A1P20849 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
COL9A1P20849 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL9A1P20849 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
COL9A1P20849 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL9A1P20849 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL9A1P20849 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL9A1P20849 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL9A1P20849 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL9A1P20849 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL9A1P20849 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL9A1P20849 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL9A1P20849 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL9A1P20849 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL9A1P20849 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL9A1P20849 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL9A1P20849 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL9A1P20849 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL9A1P20849 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL9A1P20849 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL9A1P20849 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL9A1P20849 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL9A1P20849 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC29.2■■■□□ 2.27
COL9A1P20849 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
COL9A1P20849 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL9A1P20849 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL9A1P20849 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL9A1P20849 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL9A1P20849 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL9A1P20849 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL9A1P20849 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL9A1P20849 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL9A1P20849 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL9A1P20849 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL9A1P20849 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL9A1P20849 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL9A1P20849 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL9A1P20849 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL9A1P20849 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL9A1P20849 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
COL9A1P20849 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL9A1P20849 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL9A1P20849 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL9A1P20849 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL9A1P20849 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL9A1P20849 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL9A1P20849 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL9A1P20849 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
COL9A1P20849 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL9A1P20849 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL9A1P20849 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL9A1P20849 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL9A1P20849 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL9A1P20849 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
COL9A1P20849 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL9A1P20849 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
COL9A1P20849 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL9A1P20849 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL9A1P20849 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
COL9A1P20849 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL9A1P20849 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL9A1P20849 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms