Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
VAMP4O75379 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
VAMP4O75379 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC35.88■■■■□ 3.34
VAMP4O75379 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC35.87■■■■□ 3.33
VAMP4O75379 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
VAMP4O75379 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
VAMP4O75379 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
VAMP4O75379 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
VAMP4O75379 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
VAMP4O75379 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC35.82■■■■□ 3.32
VAMP4O75379 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC35.81■■■■□ 3.32
VAMP4O75379 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
VAMP4O75379 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC35.8■■■■□ 3.32
VAMP4O75379 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC35.79■■■■□ 3.32
VAMP4O75379 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC35.79■■■■□ 3.32
VAMP4O75379 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC35.78■■■■□ 3.32
VAMP4O75379 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC35.78■■■■□ 3.32
VAMP4O75379 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
VAMP4O75379 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC35.72■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC35.71■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC35.7■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
VAMP4O75379 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC35.67■■■■□ 3.3
VAMP4O75379 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
VAMP4O75379 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC35.65■■■■□ 3.3
VAMP4O75379 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
VAMP4O75379 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
VAMP4O75379 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
VAMP4O75379 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
VAMP4O75379 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
VAMP4O75379 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC35.61■■■■□ 3.29
VAMP4O75379 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC35.61■■■■□ 3.29
VAMP4O75379 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
VAMP4O75379 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
VAMP4O75379 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
VAMP4O75379 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC35.53■■■■□ 3.28
VAMP4O75379 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC35.52■■■■□ 3.28
VAMP4O75379 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
VAMP4O75379 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
VAMP4O75379 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
VAMP4O75379 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
VAMP4O75379 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC35.47■■■■□ 3.27
VAMP4O75379 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC35.47■■■■□ 3.27
VAMP4O75379 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC35.46■■■■□ 3.27
VAMP4O75379 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC35.46■■■■□ 3.27
VAMP4O75379 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
VAMP4O75379 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC35.45■■■■□ 3.27
VAMP4O75379 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
VAMP4O75379 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
VAMP4O75379 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
VAMP4O75379 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC35.4■■■■□ 3.26
VAMP4O75379 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
VAMP4O75379 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
VAMP4O75379 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.34■■■■□ 3.25
VAMP4O75379 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC35.34■■■■□ 3.25
VAMP4O75379 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC35.34■■■■□ 3.25
VAMP4O75379 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
VAMP4O75379 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
VAMP4O75379 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC35.32■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.31■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC35.31■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC35.31■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC35.3■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC35.28■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
VAMP4O75379 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
VAMP4O75379 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
VAMP4O75379 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
VAMP4O75379 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
VAMP4O75379 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
VAMP4O75379 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC35.2■■■■□ 3.23
VAMP4O75379 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.17■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC35.16■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
VAMP4O75379 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
VAMP4O75379 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
VAMP4O75379 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
VAMP4O75379 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.1■■■■□ 3.21
VAMP4O75379 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms