Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHOX2O60902 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHOX2O60902 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHOX2O60902 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHOX2O60902 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHOX2O60902 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHOX2O60902 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHOX2O60902 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHOX2O60902 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHOX2O60902 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHOX2O60902 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHOX2O60902 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHOX2O60902 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHOX2O60902 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHOX2O60902 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHOX2O60902 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SHOX2O60902 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SHOX2O60902 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHOX2O60902 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SHOX2O60902 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SHOX2O60902 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SHOX2O60902 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SHOX2O60902 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SHOX2O60902 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHOX2O60902 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHOX2O60902 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHOX2O60902 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SHOX2O60902 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SHOX2O60902 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SHOX2O60902 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHOX2O60902 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SHOX2O60902 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.07
SHOX2O60902 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHOX2O60902 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
SHOX2O60902 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
SHOX2O60902 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHOX2O60902 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHOX2O60902 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SHOX2O60902 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SHOX2O60902 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SHOX2O60902 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SHOX2O60902 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SHOX2O60902 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHOX2O60902 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SHOX2O60902 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SHOX2O60902 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SHOX2O60902 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SHOX2O60902 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SHOX2O60902 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SHOX2O60902 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SHOX2O60902 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms