Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J263

TRAV39, T-cell receptor alpha variable 39 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 110 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV39A0A0B4J263 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV39A0A0B4J263 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV39A0A0B4J263 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV39A0A0B4J263 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV39A0A0B4J263 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRAV39A0A0B4J263 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRAV39A0A0B4J263 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRAV39A0A0B4J263 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRAV39A0A0B4J263 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRAV39A0A0B4J263 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRAV39A0A0B4J263 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRAV39A0A0B4J263 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRAV39A0A0B4J263 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRAV39A0A0B4J263 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRAV39A0A0B4J263 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRAV39A0A0B4J263 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRAV39A0A0B4J263 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TRAV39A0A0B4J263 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TRAV39A0A0B4J263 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRAV39A0A0B4J263 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRAV39A0A0B4J263 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TRAV39A0A0B4J263 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TRAV39A0A0B4J263 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TRAV39A0A0B4J263 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TRAV39A0A0B4J263 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAV39A0A0B4J263 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TRAV39A0A0B4J263 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRAV39A0A0B4J263 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms