Protein–RNA interactions for Protein: O95343

SIX3, Homeobox protein SIX3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 332 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX3O95343 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SIX3O95343 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SIX3O95343 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SIX3O95343 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SIX3O95343 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SIX3O95343 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SIX3O95343 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SIX3O95343 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SIX3O95343 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SIX3O95343 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SIX3O95343 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SIX3O95343 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SIX3O95343 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SIX3O95343 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SIX3O95343 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SIX3O95343 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SIX3O95343 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SIX3O95343 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SIX3O95343 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SIX3O95343 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SIX3O95343 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SIX3O95343 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SIX3O95343 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SIX3O95343 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SIX3O95343 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SIX3O95343 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SIX3O95343 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SIX3O95343 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SIX3O95343 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SIX3O95343 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SIX3O95343 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SIX3O95343 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SIX3O95343 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SIX3O95343 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SIX3O95343 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SIX3O95343 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SIX3O95343 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SIX3O95343 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SIX3O95343 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SIX3O95343 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SIX3O95343 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SIX3O95343 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SIX3O95343 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SIX3O95343 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SIX3O95343 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SIX3O95343 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SIX3O95343 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SIX3O95343 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SIX3O95343 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SIX3O95343 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SIX3O95343 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SIX3O95343 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms