Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 TBC1D3J-201ENST00000620719 1426 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 DMTN-205ENST00000432128 2508 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 PHF3-209ENST00000509330 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 MKRN3-201ENST00000314520 2337 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 IMPACT-201ENST00000284202 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 DNAI1-209ENST00000614641 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 POLR2B-205ENST00000441246 3839 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 TMPRSS6-202ENST00000381792 3260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 GPN3-201ENST00000228827 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ZNF79-202ENST00000543471 2194 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ZNF79-203ENST00000612342 2192 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 BRMS1-202ENST00000425825 1363 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 CAP2P1-201ENST00000557743 1390 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 AP000550.1-201ENST00000420508 4833 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ITSN1-210ENST00000399353 3913 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 SNX30-201ENST00000374232 7622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 LBH-202ENST00000401506 485 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 COPS7B-205ENST00000409295 1009 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 AC093484.1-201ENST00000441875 477 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 IGFLR1-211ENST00000592889 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 SIRT2-219ENST00000613542 1170 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 AC006453.1-201ENST00000636037 1257 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 PML-208ENST00000436891 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 CDCA2-201ENST00000330560 3731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 AC004706.4-201ENST00000634965 3537 ntAPPRIS P1 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 KLF11-205ENST00000535335 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 GCK-204ENST00000403799 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 LINC00665-205ENST00000585356 1557 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ASTN2-206ENST00000361477 4001 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 CYP4B1-202ENST00000371919 1494 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 NCKAP5L-201ENST00000335999 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ADAM33-206ENST00000617732 1971 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 TBC1D1-201ENST00000261439 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 FZD5-201ENST00000295417 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 JPH1-201ENST00000342232 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ATXN10-202ENST00000381061 3135 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 BCL2L13-206ENST00000399782 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 SMTNL1-202ENST00000527972 1649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 RASGEF1B-202ENST00000335927 1756 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 NUDT1-203ENST00000356714 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ESD-202ENST00000378720 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 NUDT1-204ENST00000397046 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 MPV17-204ENST00000399052 749 ntTSL 4 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 LINC00431-201ENST00000440735 1189 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 POU5F1P2-201ENST00000521750 823 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 REC114-202ENST00000560581 833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 ADH5-213ENST00000626055 1299 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 SYT9-201ENST00000318881 3955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 CACTIN-203ENST00000429344 3612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
NUP88Q99567 CD8A-203ENST00000409511 3048 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.1 ms