Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 IGF2BP3-209ENST00000474105 663 ntTSL 46.85□□□□□ -1.311e-6■■■■□ 21.1
U2AF1Q01081 ZFR-206ENST00000510369 1551 ntTSL 1 (best)5.12□□□□□ -1.591e-6■■■■□ 21.1
U2AF1Q01081 ZFR-207ENST00000514356 3109 ntTSL 25.02□□□□□ -1.611e-6■■■■□ 21.1
U2AF1Q01081 ZNF131-210ENST00000508259 501 ntTSL 53.35□□□□□ -1.872e-9■■■■□ 21.1
U2AF1Q01081 SNHG1-225ENST00000545920 625 ntTSL 28.1□□□□□ -1.112e-11■■■■□ 21.1
U2AF1Q01081 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.391e-6■■■■□ 21.1
U2AF1Q01081 BMS1P4-203ENST00000580790 1913 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.321e-6■■■■□ 21.1
U2AF1Q01081 AC022400.3-201ENST00000399449 3810 ntTSL 5 BASIC10.81□□□□□ -0.681e-6■■■■□ 21.1
U2AF1Q01081 HP1BP3-210ENST00000438032 1159 ntTSL 527.29■■□□□ 1.962e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 HP1BP3-208ENST00000424732 970 ntTSL 324.21■■□□□ 1.472e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 HP1BP3-205ENST00000417710 572 ntTSL 512.06□□□□□ -0.481e-12■■■■□ 21
U2AF1Q01081 HP1BP3-201ENST00000312239 3938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.69□□□□□ -0.862e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 HP1BP3-207ENST00000419948 759 ntTSL 56.58□□□□□ -1.362e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 ATIC-207ENST00000443953 2187 ntTSL 226.69■■□□□ 1.861e-6■■■■□ 21
U2AF1Q01081 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.591e-6■■■■□ 21
U2AF1Q01081 ATIC-201ENST00000236959 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.091e-6■■■■□ 21
U2AF1Q01081 ATIC-203ENST00000426233 713 ntTSL 26.82□□□□□ -1.321e-6■■■■□ 21
U2AF1Q01081 ATIC-213ENST00000479093 772 ntTSL 26.77□□□□□ -1.331e-6■■■■□ 21
U2AF1Q01081 ATIC-209ENST00000446622 615 ntTSL 34.95□□□□□ -1.621e-6■■■■□ 21
U2AF1Q01081 MED23-204ENST00000368060 4446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.33e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 MED23-205ENST00000368068 5233 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.33e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 MED23-202ENST00000368053 2811 ntTSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.583e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 MED23-209ENST00000539158 1636 ntTSL 1 (best) BASIC10.48□□□□□ -0.733e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 MED23-201ENST00000354577 4581 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.31□□□□□ -0.923e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 MED23-203ENST00000368058 4576 ntTSL 5 BASIC6.6□□□□□ -1.353e-10■■■■□ 21
U2AF1Q01081 STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB-204ENST00000472646 553 ntTSL 514.79□□□□□ -0.044e-9■■■■□ 20.9
U2AF1Q01081 TMEM39A-211ENST00000491685 852 ntTSL 514.69□□□□□ -0.063e-12■■■■□ 20.9
U2AF1Q01081 TMEM39A-201ENST00000319172 4369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.2□□□□□ -0.463e-12■■■■□ 20.9
U2AF1Q01081 TMEM39A-202ENST00000438581 4393 ntTSL 1 (best)10.56□□□□□ -0.723e-12■■■■□ 20.9
U2AF1Q01081 TMEM39A-204ENST00000468545 575 ntTSL 45.39□□□□□ -1.553e-12■■■■□ 20.9
U2AF1Q01081 GABRE-203ENST00000441219 1324 ntTSL 211.7□□□□□ -0.545e-7■■■■□ 20.9
U2AF1Q01081 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.951e-11■■■■□ 20.9
U2AF1Q01081 LUC7L3-214ENST00000508482 1597 ntTSL 217.99■□□□□ 0.471e-11■■■■□ 20.9
U2AF1Q01081 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.914e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.554e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC36.54■■■■□ 3.444e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.314e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.284e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC34.74■■■■□ 3.154e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.45■■■■□ 3.14e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ANKRD9-203ENST00000559404 1502 ntTSL 233.63■■■□□ 2.974e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.934e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PANK2-202ENST00000336066 1843 ntTSL 1 (best)33■■■□□ 2.874e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.834e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.724e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.674e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.494e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ANKRD9-202ENST00000557902 620 ntTSL 329.7■■■□□ 2.354e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.264e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HNRNPLL-211ENST00000498516 655 ntTSL 328.87■■■□□ 2.214e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS21-208ENST00000575199 679 ntTSL 228.63■■■□□ 2.174e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.951e-11■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.711e-11■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS21-207ENST00000574813 873 ntTSL 325.23■■□□□ 1.634e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS21-210ENST00000577043 814 ntTSL 525.02■■□□□ 1.64e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-204ENST00000502598 557 ntTSL 424.94■■□□□ 1.584e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-201ENST00000322910 2352 ntTSL 224.79■■□□□ 1.561e-11■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-237ENST00000583858 1015 ntTSL 524.78■■□□□ 1.564e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.564e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS21-203ENST00000570594 809 ntTSL 324.53■■□□□ 1.524e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.484e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.431e-11■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SH3BP1-202ENST00000417536 2858 ntTSL 223.93■■□□□ 1.424e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.394e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-205ENST00000506296 955 ntTSL 523.69■■□□□ 1.384e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.344e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.324e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.294e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.254e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-208ENST00000511244 555 ntTSL 422.81■■□□□ 1.244e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NUP58-208ENST00000466694 1854 ntTSL 522.17■■□□□ 1.144e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.134e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SFT2D1-202ENST00000478705 659 ntTSL 222.07■■□□□ 1.124e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.994e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.994e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-212ENST00000617022 2181 ntTSL 221.12■□□□□ 0.973e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.94e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC35F5-202ENST00000409106 3120 ntTSL 220.43■□□□□ 0.864e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-239ENST00000585203 947 ntTSL 520.14■□□□□ 0.814e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-219ENST00000579425 1234 ntTSL 520.14■□□□□ 0.814e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HOXB3-206ENST00000471459 565 ntTSL 419.94■□□□□ 0.784e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-203ENST00000378601 1591 ntTSL 219.55■□□□□ 0.723e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-203ENST00000393576 2792 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.694e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-210ENST00000515666 2141 ntTSL 519.33■□□□□ 0.694e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.644e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-211ENST00000528793 2571 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.644e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.612e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ATP13A1-208ENST00000474955 927 ntTSL 518.68■□□□□ 0.584e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 CLASP2-204ENST00000399362 7282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.584e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DNAJC5-202ENST00000470551 5287 ntTSL 218.16■□□□□ 0.52e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ATP13A1-202ENST00000357324 3861 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.494e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GRK6-207ENST00000508705 744 ntTSL 518■□□□□ 0.474e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS21-206ENST00000574265 860 ntTSL 317.11■□□□□ 0.334e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 CBL-205ENST00000637974 3030 ntAPPRIS ALT2 TSL 517.1■□□□□ 0.334e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SH3BP1-206ENST00000469947 2612 ntTSL 217.03■□□□□ 0.324e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SFT2D1-204ENST00000487841 2576 ntTSL 1 (best)16.71■□□□□ 0.274e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-213ENST00000617847 1649 ntTSL 516.67■□□□□ 0.263e-10■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS21-204ENST00000570629 626 ntTSL 216.65■□□□□ 0.264e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-207ENST00000614394 1088 ntTSL 216.34■□□□□ 0.213e-10■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-201ENST00000256996 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.193e-6■■■■□ 20.8
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 51.1 ms