Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PPP5D1-201ENST00000414155 1882 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PCDHA5-201ENST00000529619 4157 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 EIF5-202ENST00000392715 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 C9orf47-201ENST00000334490 4829 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ISLR-202ENST00000395118 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FLAD1-206ENST00000368432 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 DMAC2-204ENST00000438807 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TGFBRAP1-201ENST00000258449 2827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS9-201ENST00000332578 3331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CDK5RAP2-202ENST00000360190 5985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 LLGL1-201ENST00000316843 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ATXN7L1-207ENST00000477775 2426 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 DCUN1D3-201ENST00000324344 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ZNF790-207ENST00000614179 2361 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 LINC01725-203ENST00000417975 3177 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 HNRNPLL-205ENST00000409636 3980 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RIMS1-214ENST00000518273 4116 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AL121992.1-201ENST00000428945 2845 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 C11orf21-201ENST00000381153 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ITSN2-203ENST00000406921 4563 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SIGLEC9-201ENST00000250360 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RFESD-201ENST00000311364 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ADAM15-202ENST00000355956 2877 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TUNAR-201ENST00000503525 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SCFD1-203ENST00000458591 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 C2orf68-201ENST00000306336 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FGFRL1-201ENST00000264748 3100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SIMC1-205ENST00000443967 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AP3M2-201ENST00000174653 3661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 NRAS-201ENST00000369535 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CTCFL-205ENST00000423479 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 DDC-207ENST00000444124 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 LINC01250-201ENST00000457478 2344 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 KCNN2-206ENST00000512097 3076 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PAPSS2-201ENST00000361175 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 DIRAS3-201ENST00000370981 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ZCCHC7-209ENST00000534928 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PTPRN-201ENST00000295718 3784 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RAPGEF3-218ENST00000548919 2776 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MYADM-203ENST00000391769 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 OSBPL8-203ENST00000393250 3157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 BAIAP3-202ENST00000397488 4583 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SERPING1-201ENST00000278407 2002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC020658.7-201ENST00000624274 2442 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms